Phụ trách Đông Kinh Nghĩa Thục, là Hiệu trưởng cử nhân Lương Văn Can, Giám đốc Tú tài Nguyễn Quyền… Thầy dạy có hàng chục vị, tư tưởng tiến bộ, dạy không lấy thù lao hoặc lấy ít. Học trò có hàng trăm, lớn nhỏ, trai gái. Ngày dạy ba buổi, các môn sử, địa, toán, luân lý, cách trí, vệ sinh… Có những buổi diễn thuyết về hợp quần, ái quốc, kể chuyện các anh hùng chống giặc ngoại xâm lăng: Trần Hưng Đạo, Lê Lợi, Quang Trung… Trường soạn sách giáo khoa, làm sách báo tham khảo: Nam quốc vĩ nhân, Nam quốc lịch sử, Đăng cổ tùng báo… Đào Nguyên Phổ cùng tú tài Phạm Tư Trực, quê Thái Bình, làm việc biên soạn sách giáo khoa cho trường…
Sách Ấu học Hán tự tân thư có những câu nhắc nhở về dòng dõi xưa: “Ngô Tổ Hồng Bằng Thị… Ẩm hà đương tư nguyên” (Tổ ta họ Hồng Bàng… Uống nước sông nên nhớ nguồn). Có câu ngầm phê phán Gia Long “Phụ xà giảo gia kê” (Cõng rắn cắn gà nhà). “Quốc sỉ ngô thân sỉ” (Nước sỉ nhục thân ta sỉ nhục). Rồi phát huy truyền thống chống ngoại xâm: Bạch Đằng phá Nguyên sư / Chi lăng tẩu Tống binh / Hách hách thanh danh thùy / Tử tôn nghi tự cường / … (Sông Bạch Đằng phá quân Nguyên / Ải Chi Lăng đuổi quân Tống / Còn rực rỡ tiếng tăm / Con cháu nên tự mạnh…).
Một trong những bộ sách quan trọng của Đông Kinh Nghĩa Thục là Văn minh tân học sách. Có câu: “Dân trí được đề cao thì trình độ văn minh chung cũng sẽ lớn lên và nền tảng văn hiến sẽ bền vững lâu dài”. Từ lập luận đó, các vị viết sách đã coi việc “mở trí khôn cho dân là một chủ nghĩa lớn”. Và mở mang dân trí có sáu cách: Một là dùng văn tự nước nhà (Cần học chữ Quốc ngữ); hai là hiệu đính sách vở (Lấy Nam sử làm chính); ba là sửa đổi phép thi cử; bốn là cổ vũ nhân tài; năm là chấn hưng công nghệ; sáu là mở Tòa báo.

Phố Hàng Đào đầu thế kỉ 20.
Đào Nguyên Phổ được nhà trường phân nhiệm vụ viết bài, diễn thuyết, chủ yếu là về phần mở Tòa báo. Bởi ông có khả năng làm văn thơ, báo chương. Ông nói sâu về lợi ích của việc làm báo, nêu việc mở mang báo chí ở nhiều nước. Pháp có 1.230 Tòa soạn, Đức có 2.350, Mỹ có 14.150. Trung Quốc mở báo rất nhiều. Dân trí mở mang chính là nhờ đó. Thế mà nước ta chỉ ở Sài Gòn, Hải Phòng có báo viết bằng chữ Tây. Người đọc không được mấy. Báo viết bằng chữ Hán chỉ có một tờ Đại Nam đồng văn.
Ông mong có thêm những tờ báo viết bằng Quốc ngữ, thứ chữ dễ đọc, chỉ qua sáu tháng là đọc thông viết thạo. Sau đó, có tờ Đăng cổ tùng báo, theo xu hướng văn minh, chống hủ lậu, Đào Nguyên Phổ liền tham gia.
Cùng những bài viết về lịch sử nước nhà, ông cổ xúy cho việc dạy hay, học tốt của Đông Kinh Nghĩa Thục, cho sự thực hành sáu điểm trong sách Văn minh tân học.
Việc diễn thuyết, viết báo lúc này là xông xáo đấu tranh nên bị nhà cầm quyền theo dõi sát sao. Đào Nguyên Phổ có bút pháp khéo léo, giúp người đọc dễ hiểu những điều cần thiết, mà nhà cầm quyền không dễ bắt bẻ. Dẫu vậy, ông vẫn bị giám sát và đe dọa thường xuyên.
*
Viên chức sở Đốc lý Hà Nội trông coi về báo chương là Đờ-viê. Ông ta để ý rất nhiều tới Đào Nguyên Phổ, bởi ông là người nổi danh, viết nhiều, nói thẳng, chê bai kẻ nịnh hót.
Là người thuộc Truyện Kiều từ đầu đến cuối, viết cả một bài tổng luận về tác phẩm đó, đặt tên khá nổi là Khúc Nam Âm tuyệt xướng, được giới văn thơ khen hay. Đào Nguyên Phổ là một trong những linh hồn chính của Đông Kinh Nghĩa Thục, có nhiều bài in trên Đăng cổ tùng báo.
Vì thế ông ta theo dõi sát từng bài viết, câu nói của Đào Nguyên Phổ.
Một hôm, Đờ-viê gọi Đào Nguyên Phổ lên sở làm việc. Tuy biết Đào Nguyên Phổ hiểu Pháp văn nhưng Đờ-viê ngại trực tiếp đối thoại với một người thông minh sắc sảo, nên hỏi ông qua viên thông ngôn:
- Ai viết bài Bà Triệu cưỡi voi chống giặc xâm lăng?
- Thưa ngài… tôi viết. Đào Nguyên Phổ đáp.
- Sao anh không ký tên mình?
- Tôi ký tên hiệu của tôi: Tảo Bi.
- Nghĩa là gì?
- Tảo Bi, chữ Hán nghĩa là văn bia buổi sớm. Người ta buổi sớm thường minh mẫn, viết lúc đó thường đúng đắn.

Đờ-viê mím môi lẳng lặng, cặp mắt xám nhìn ông vẻ dò xét và dè dặt. Đờ-viê biết đối mặt với mình lúc này là kẻ chống Pháp và biết cách chống bằng các văn chương, trí tuệ. Đờ-viê nghiêm giọng, tỏ uy thế người có quyền:
- Anh viết bài đó với ý gì?
- Tôi thấy bà ấy tài cao hơn cả đàn ông: Cưỡi voi, đánh cồng…
- Anh muốn khơi gợi điều gì?
Đào Nguyên Phổ thấy viên quan Tây này muốn “nói lời ràng buộc”, nên nhanh trí ứng đáp:
- Tôi mới đọc một bài báo Trung Quốc. Họ viết về chuyện cô gái Jeanne d'Arc, người Pháp chống quân xâm lược Anh. Bài khá hay, khiến tôi nghĩ về Bà Triệu…
Đờ-viê cúi đầu, xoa xoa ria mép, nghĩ là mình vừa bị thua trong một cuộc đấu trí. Y đứng dậy đi đi lại lại. Chợt nhớ tới một bài khác của Đào Nguyên Phổ, liền chất vấn cho có chuyện:
- Tôi biết anh mới đưa in một bài quê kệch, nếu không muốn nói là tục tĩu.
Thoạt nghe, Đào Nguyên Phổ nóng mặt toan phản bác. Nhưng ông tự kiềm chế và nhớ lại. Gần đây, ông có cho đăng mấy câu lục bát dân dã, gây cười. Con gái mười bảy mười ba / Đêm nằm với mẹ, chuột tha mất l. / Chuột tha lên núi lên non / Chuột tha làm tổ cho con nó nằm. Rồi ông dịch sang chữ Hán, mời bạn đọc cùng dịch cho vui: Thiếu nữ thập thất thập tam / Dạ ngọa dữ mẫu, tí hàm thất âm / Tí hàm thượng đáo sơn lâm / Tí bao tí tử, dĩ âm vi sào.
Ông thuật lại và nhờ người thông ngôn dịch cho quan Tây rõ cái vẻ hài hước lý thú của bài.
Người thông ngôn vốn có thiện cảm với Đào Nguyên Phổ, hiểu thơ ca dân gian và dịch rất khá, khiến Tây nghe cũng nhếch mép mà không thấy tục. Đào Nguyên Phổ được dịp nói thêm bằng tiếng Pháp, lưu loát, tự tin:
- Đầu đuôi mấy câu là thế! Nó chỉ giúp cho người ta vui một chút… Đời nhiều buồn khổ, người ta thèm được vui. Nước tôi có hàng trăm chuyện tiếu lâm. Bên Trung Hoa có tờ báo mở đều chuyên mục Cười vui.
Đờ-viê vểnh mặt nhìn lên trần nhà lạnh toát, tỏ ra không để ý nữa. Song trước khi hết chuyện, y vẫn nghiêm giọng đe nạt:
- Nước Nam có câu “Bút sa gà chết”. Ông cầm bút viết báo cần phải nhớ câu đó!
Đông Kinh Nghĩa Thục hoạt động ôn hòa, hợp pháp, có giấy phép của Thống sứ Bắc Kỳ. Các trường nhánh lan ra hàng chục tỉnh từ Bắc Kỳ đến Trung Kỳ. Nội dung đa dạng, vượt khỏi phạm vi sở trường, diễn thuyết cổ vũ lòng ái quốc, tuyên truyền cho thực nghiệp, thực hành…

Tuy nhiên, trong trường nổi lên nhóm hội viên có xu hướng bạo động ngầm liên lạc với anh em ở trại lính Pháp. Đồng thời liên lạc với Đề Thám, nhằm có sự phối hợp từ trung du. Vụ “Hà Thành đầu độc” không thành công…
Pháp bắt hàng trăm người. Xử tử mười ba người, tù chung thân bốn người, còn lại đều xử tù, lưu đày biệt xứ. Một số người trốn thoát lên với Đề Thám.
Đông Kinh Nghĩa Thục cũng không thoát khỏi liên lụy: Lương Văn Can, Nguyễn Quyền, Lai Đại, Dương Bá Trạc, Võ Hoành… Đào Nguyên Phổ bị liệt vào số người nguy hiểm, bị tróc nã khẩn cấp. Ông hướng về phía thành Hà Nội, nơi năm xưa Tổng đốc Hoàng Diệu tuẫn tiết khi Pháp chiếm thành. Và tuẫn tiết tại một ngôi nhà nhỏ ở phố Hàng Than, không để mình sa vào tay địch. Ông còn để lại đôi câu đối:
- Hà Nội Long Thành thành mất người vẫn còn nghĩa lớn.
- Đông Kinh Nghĩa Thục trường tan ta gửi trọn lòng son.